有機溶劑過濾器是有使用壽命的，這個很多使用者不太清楚。當流動相不合格被污染，溶劑瓶中滋生微生物藻類，都會縮短過濾器的使用壽命，進而影響性能造成堵塞，進氣泡等等。
建議每3個月定期清洗或更換新的過濾器。
此外，還有一個小型玻璃設備，也叫溶劑過濾器，這個溶劑過濾器則是在流動相裝入溶劑瓶之前過濾有機相或水相流動相使用的，需要外加一個真空泵配合使用。
如果溶劑過濾器堵塞了，或者時間久了，篩板變色了，清洗工作要怎么做呢？
1.將溶劑過濾器從管線街頭上取下；
2.用純水沖洗殘留的流動相；
3.將過濾器置于35%的濃硝酸中浸泡1h左右；
4.取出用純水清洗干凈，否則會損壞色譜柱；
5.將過濾器裝回原處。
切記有機溶劑過濾器不能用超聲波清洗器清洗，玻璃顆粒可能會碎掉，造成堵塞。如果是不銹鋼材質的溶劑過濾器，可以放置到異丙醇中進行超聲清洗，20分鐘左右。
如何判斷溶劑過濾頭是否堵塞呢？
要判斷溶劑過濾器是否堵塞，可以將溶劑入口管線從儀器上面取下來，因為管線中充滿了流動相，如果沒有堵塞，流動相會從管線中自由的流出，反之，就沒有流動相流出或者只有很少量的流出。