李蘭娟團隊發現腸道菌群的變化與新冠患者預后關系

　　COVID-19在世界范圍內迅速傳播，導致超過1億的感染和200萬以上的死亡。腸道菌群失調可能與長期的COVID-19風險有關。很少有研究關注SARS-CoV-2感染后腸道菌群的恢復過程。

　　2021年4月8日，浙江大學李蘭娟團隊在Gut（IF=19.82）在線發表題為”Six-month follow-up of gut microbiota richness in patients with COVID-19 “的研究論文，該研究進行了一項前瞻性研究，以使用16S rDNA測序縱向監測COVID-19患者的腸道菌群變化。該研究發現，經過6個月的恢復，微生物群落豐富度未恢復到正常水平。在3個月和6個月的隨訪研究中發現COVID-19患者的肺功能受損以及心臟異常。結果表明，康復后微生物含量較低的患者的肺功能較差。在COVID-19大流行期間，腸道微生物群豐富度的持續降低可能具有長期的生物學影響。該研究證實了腸道菌群失調與 COVID-19恢復過程有關。

　　另外，2021年3月31日，鄭州大學余祖江，任志剛及浙江大學李蘭娟共同通訊在Gut（IF=19.82）在線發表題為”Alterations in the human oral and gut microbiomes and lipidomics in COVID-19 “的研究論文，該研究在392例舌苔樣本，172例糞便樣本和155份血清樣本中應用了16S rRNA MiSeq測序和脂質組學技術，以分析COVID-19患者和康復患者的人類微生物組和脂質組學。該研究是第一個表征COVID-19中口腔微生物組，康復患者口腔微生物組和脂質改變，探討它們之間的相關性并報告成功建立和驗證COVID-19診斷模型的研究。

　　COVID-19在世界范圍內迅速傳播，導致超過1億的感染和200萬以上的死亡。然而，作為診斷COVID-19的金標準，通過逆轉錄PCR（RT-PCR）進行核酸檢測受到質疑假陰性率至少為20％。因此，迫切需要尋找一種新的診斷方法。

　　ACE2是SARS-CoV-2的靶標，在肺，肝，腎，腦和小腸上皮細胞中表達。SARS-CoV-2激活腸道ACE2受體，誘導炎癥并導致GI癥狀和微生物組發生改變。人類微生物組參與宿主免疫和代謝，并與病毒性疾病密切相關。微生物組的改變會導致H7N9禽流感（H7N9），HIV和HBV的發生和發展。先前的研究報道了COVID-19在住院期間和康復后的腸道或氣道微生物特征。然而，尚未報道COVID-19及康復患者中的微生物群。此外，已經在許多疾病中確立了用作非侵入性診斷工具的微生物標記。Gu等通過16S rRNA MiSeq測序，基于五個腸道微生物標記構建了一個分類器。分類器顯示出高達0.89的曲線下面積（AUC）診斷COVID-19的高精度。然而，尚未評估微生物組對COVID-19的診斷潛力。

　　代謝物的變化可以反映疾病的進展。短鏈脂肪酸（SCFA）作為微生物組的脂質代謝產物，參與宿主細胞的基因表達，炎癥，分化和細胞凋亡。反過來，SCFA可以為微生物組提供能量 ，維持其生存。先前的一項研究描述了COVID-19患者的蛋白質組學和代謝組學特征，并區分了重癥患者和非重癥患者。但是，尚未研究COVID-19患者和康復患者的脂質組學。

　　該研究假設口腔和腸道微生物組參與了COVID-19的發展，并可以作為輔助診斷工具。此外，脂質組學與微生物組之間的相互作用可能有助于COVID-19的進展和恢復。為了驗證這一假設，該研究在392例舌苔樣本，172例糞便樣本和155份血清樣本中應用了16S rRNA MiSeq測序和脂質組學技術，以分析COVID-19患者和康復患者的人類微生物組和脂質組學。

　　該研究發現，與健康對照組（HCs）相比，確診患者（CP）的口腔和糞便微生物多樣性顯著降低。與HCs相比，口腔CPs中產生丁酸的細菌減少，而產生脂多糖的細菌增加。基于8種最佳口腔微生物標志物（7種糞便微生物標志物）的分類器在不同隊列中均具有良好的診斷效率。重要的是，在跨區域隊列中，診斷效率達到了87.24％。此外，分類器以IgG抗體陽性作為CP成功地診斷了疑似患者（SP），診斷效率達到了92.11％（糞便微生物組的98.01％）。與CP相比，鞘磷脂（SM）（d40：4），SM（d38：5）和甘油單酸酯（33：5）等47種脂質分子被耗盡；包括磷脂酰膽堿（36：4p），磷脂酰乙醇胺（PE）（16：0p / 20：5）和甘油二酸酯（20：1/18：2）在內的122種脂質分子在康復患者富集。

　　總之，該研究是第一個表征COVID-19中口腔微生物組，康復患者口腔微生物組和脂質改變，探討它們之間的相關性并報告成功建立和驗證COVID-19診斷模型的研究。