與一般的翻譯RNA相比，核酶具有較穩定的空間結構，不易受到RNA酶的攻擊。更重要的是，核酶在切斷mRNA后，又可從雜交鏈上解脫下來，重新結合和切割其它的mRNA分子。
核酶可通過催化靶位點RNA鏈中磷酸二酯鍵的斷裂，特異性地剪切底物RNA分子，從而阻斷靶基因的表達。
核酶一詞用于描述具有催化活性的RNA，即化學本質是核糖核酸（RNA）。
核酶的作用底物可以是不同的分子，有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位。核酶的功能很多，有的能夠切割RNA，有的能夠切割DNA，有些還具有RNA 連接酶、磷酸酶等活性。與酶(enzyme)相比，核酶的催化效率較低，是一種較為原始的催化酶。