1.皮膚改變
咖啡牛奶斑是本病的重要體征，出生時即可發現，為一些淺棕色斑，大小不等，形狀不一，不隆起于皮膚，不脫屑，感覺無異常，除手掌、足底和頭皮外，軀體其他部位均可波及。正常小兒有時也可見到1～2塊咖啡牛奶斑，無診斷意義，6塊以上直徑大于5mm的咖啡牛奶斑則有診斷價值。有時在腋窩鼠蹊部或軀干其他部位見到一些1～3mm直徑似雀斑狀的淺棕色斑，稱為腋窩雀斑，成簇出現，數目往往較多。
2.眼部異常
虹膜部位常可見到色素性虹膜錯構瘤（Lisch小體），一般體格檢查不能發現，需在裂隙燈下觀察，表現為突起的褐色斑塊，邊緣清晰，無特殊癥狀，6歲以后常見。
3.神經系統
視神經膠質瘤可見于15%的患兒中，表現為進行性視力喪失、視神經萎縮、局部疼痛或眼球突出，單側或雙側。聽神經瘤往往在10歲以后發生，表現為聽力喪失、耳鳴、眩暈及面肌無力。腦部還可見到腦膜瘤、星形細胞瘤及室管膜瘤，脊髓及神經根也可波及。本病可伴有學習困難及行為障礙，但明顯智力低下及癲癇發作不太多見。
4.其他系統
骨骼常表現為先天性骨發育不良，骨皮質變薄、鈣化不全等。常可見蝶骨發育不良、病理性骨折、脛骨假關節形成等。