器官移植在同卵雙胞胎之間進行較易成功，這是因為兩者的基因組是一樣的，細胞表面的MHC分子也是一樣的，2個個體都不排斥對方的器官。
激素、放射線照射、藥物（6-巰基嘌呤）等可以抑制受體的免疫功能，增加移植手術的成功率。但它同時增加了感染疾病的可能性。雖然環孢素（cyclosporin)選擇性抑制T細胞的功能，但也會影響免疫系統的其他功能。
臨床器官移植還存在外來器官排斥受體的問題：例如骨髓移植，當供者骨髓植入受者后，外來骨髓的淋巴細胞對受體的各組織（抗原）進行攻擊，其后果可致受者死亡。
