腸病毒的流行與季節轉換、環境變異有著極大的關聯性，腸病毒只在夏季及初秋流行，每年六～九月為高峰期，氣溫過低的地區并不利于腸病毒生存。根據流行病學調查，腸病毒之傳染途徑主為糞--口傳染（stool -oral），感染腸病毒的患者會經由糞便排出病毒，這些含有高濃度腸病毒的糞便會污染環境甚至地下水源，在公共衛生條件不佳的地區，極易經由污染的水源而散播該病毒。由于腸病毒除了在腸道外亦可在扁桃腺增殖，因此病患的唾液或口鼻分泌物也會帶有高濃度的病毒，所以不排除經由空氣或接觸等傳染途徑。因此防治腸病毒之流行除了重視個人衛生外，公共衛生及環境衛生亦不容忽視。
于1998年臺灣地區腸病毒流行期間，對于是否需關閉游泳池以杜絕腸病毒之蔓延，在當時引起了相當大的爭議。事實上，如前所述，濃度1～3%之漂白水即可有效殺死腸病毒，因此，經營者能依規定在游泳池內添加足夠含量的漂液增加余氯值，應可避免因游泳而導致腸病毒感染。但水中至少需含有多少濃度（mg/L）的余氯才能有效抑制腸病毒，目前并無一確切標準，仍有待實驗室之驗證。由流行病學資料顯示，EV 71具有季節性且無地域性限制，故于全世界各地均有腸病毒流行之報告，包括澳洲、日本、香港、馬來西亞、瑞典、保加利亞、匈牙利及法國等。然而出現腸病毒致死病例的卻只有少數地區，除了臺灣地區外，于1969～1998年間曾經造成大流行并有多名致死病例之地區尚包括保加利亞、匈牙利及馬來西亞等地。依據這些地區之腸病毒流行報告顯示，EV 71侵犯的對象主為學齡前幼童，而由1998年臺灣地區EV 71大流行時之統計數據發現，三歲以下之幼兒幾乎都無EV 71之抗體，故為最主要之高危險群。 腸病毒流行發生于每年的夏、秋二季，六～九月為高峰期，容易侵犯15歲以下兒童，感染后會有2～10天（平均約3～5天）的潛伏期，并可經由呼吸道的飛沫傳染或經由胃腸道的糞便傳染。腸病毒的傳染力始于發病的前幾天，在發病后一周內傳染力最高，在咽喉及糞便中都可發現有病毒的存在，腸病毒可持續存在于病患的口鼻分泌物達3～4周，而由腸道排出病毒的期間則可持續6～8周之久。
由于EV 71對于中樞神經系統有極高的感染性，故臨床上出現之癥狀包括腦炎（encephalitis）、無菌性腦膜炎（aseptic meningitis）、急性無力肢體麻痹（acute flaccid paralysis）、手足口癥（hand -foot -mouth disease）、皰疹性咽峽炎（herpangina）、急性出血性結膜炎（acute hemorrhagic conjuctivitis）、肌肉僵直（myoclonic jerk）、頭痛（headache）、發燒（fever）及嘔吐（vomiting）等，而其中以手足口癥及皰疹性咽峽炎最為常見。一般而言，感染腸病毒多為無癥狀（約50～80%）或出現輕微類似感冒的癥狀，病人會自然痊愈而產生抗體，但因感染腸病毒且轉成重癥之患者卻有極高的機率死于心肺衰竭及廣泛性的腦干傷害，實不容小覷。