原發性肺孢子絲菌病有3種病變類型：
1.支氣管肺炎型
起病急，似急性細菌性肺炎。出現發熱、咳嗽、咳痰、疲倦乏力、胸部不適、疼痛等。有時局部可聞及濕性啰音。
2.慢性空洞型
多數由肺炎型病變遷延而致，肺內結節性病灶融合、軟化、壞死，當壞死物破潰入支氣管，局部即形成薄壁空洞。臨床上病人主要為低熱或中等度發熱、咳嗽、咳痰、間歇性胸悶、呼吸困難、發紺或呼吸衰竭，甚至死亡。
3.淋巴結腫大型
主要病變位于肺門或縱隔淋巴結，多數起病隱襲，于體檢X線檢查時偶然發現肺門或縱隔陰影增大。部分病例可因腫大的淋巴結壓迫支氣管，導致阻塞性肺病變，出現咳嗽、咳痰、不同程度的發熱和胸悶、氣急等。
播散型孢子絲菌病，多見于糖尿病、艾滋病、長期應用腎上腺皮質激素和免疫抑制劑等免疫功能低下患者。除肺內病灶廣泛嚴重外，常伴有皮膚、骨骼、肌肉以及肝、腎、腦等重要臟器的侵犯，表現為急性起病，高熱、嚴重乏力、厭食、體重減輕、關節僵直、肌肉骨骼疼痛、黃疸、腎功能損害或全身衰竭。如不積極治療多數于起病后短期內死亡。