蛋白質-熱量營養不良癥的臨床表現因個體差異、嚴重程度、發病時間等因素而不同。臨床癥狀包括體重不增和減輕，皮下脂肪減少和消失，以及全身各器官系統不同程度的功能紊亂。臨床上一般分消瘦型（marasmus）、水腫型（kwashiorkor）和混合型（marasmickwashiorkor）3型。根據營養缺乏的程度分輕、中、重3度；根據發病過程又可分急性、亞急性和慢性3種。
消瘦型
消瘦型是由于能量嚴重不足所致。其特點為消瘦，皮下脂肪消失，皮膚干燥松弛及失去彈性和光澤，消瘦嚴重者呈“皮包骨頭”樣（skin and bones）。頭發枯黃稀疏、容易脫落，雙頰凹陷呈猴腮狀。患者體弱無力，萎靡不振，脈搏細緩，血壓、體溫偏低，內臟器官萎縮，淋巴結易觸及。小兒明顯瘦小，煩躁不安，對冷敏感，嚴重者伴有腹瀉、嘔吐，并可導致脫水、酸中毒及電解質紊亂，常是死亡的原因。
水腫型
水腫型是由于嚴重蛋白質缺乏所致，以全身水腫為其特點。水腫先見于下肢、足背，漸及全身。患者體軟無力，表情淡漠，食欲減退，常伴腹瀉，肝脾腫大，有腹水。水腫型嚴重者可并發支氣管肺炎、肺水腫、敗血癥、胃腸道感染及電解質紊亂，常是致死的原因。
混合型
絕大多數患者因蛋白質和能量同時缺乏，故臨床表現為上述二型之混合。