氣相:
分離能力好、靈敏度高、分析速度快、操作方便等。
受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析，一般對500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。
液相:
高效液相色譜法只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此，不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大(大于400以上)的有機物(些物質幾乎占有機物總數的75%~80%)原則上都可應用高效液相色譜法來進行分離、分析。據統計，在已知化合物中能用氣相色譜分析的約占20%而能用液相色譜分析的約占70~80%。