致病因素有侵襲力、內毒素和腸毒素3種。臨床上可引起胃腸炎、腸熱癥、菌血癥或敗血癥等。其中腸熱癥屬法定傳染病。
1.腸熱癥：即傷寒與副傷寒病。由傷寒與副傷寒沙門菌所引起的慢性發熱癥狀。為法定傳染病之一。
2.食物中毒：引起食物中毒的沙門菌以鼠傷寒、腸炎、湯卜遜、豬霍亂、乙型及丙型副傷寒沙門菌為常見。
3.慢性腸炎：沙門菌可引起老人和兒童的慢性腸炎。
4.敗血癥：多由豬霍亂沙門菌引起。
5.沙門菌的局部感染如頸部、腰部等。
有鼠傷寒沙門菌引起兒童的醫院感染報道。
