傷口肉毒癥的治療仍應以清創為主，清除壞死組織，改善局部缺血、缺氧的條件，避免肉毒桿菌的進一步生長繁殖。
1.清創傷口
徹底清除傷口異物，切除壞死組織，以3%過氧化氫沖洗創面，破壞稀氧環境。
2.病原治療
（1）抗毒素治療 一旦明確診斷，可采用三價（ABE型）抗毒素，或多價抗毒素（A、B、C、D、E、F型）注射，以中和血液中游離的外毒素。對已和神經結合的毒素，抗毒素無能為力，故出現的神經損害難以復原。三價抗毒血清能降低各型肉毒癥的病死率和患病率。提倡早期和一次足量治療。在發病后24小時或發生肌肉癱瘓前治療效果最佳，目前惟一的制品為馬血清制品，用前需行皮膚過敏試驗。治療中加強觀察，防止血清病的發生。
（2）抗生素治療 可給予大劑量青霉素注射，預防并發癥。
3.呼吸支持
傷口肉毒癥的最大危險是呼吸功能障礙，呼吸困難可迅速發生，故應嚴密觀察患者的呼吸。B型肉毒梭菌癥患者出現復視者是需作呼吸支持的前驅癥狀。大多數患者需作氣管切開術，人工輔助呼吸。
4.對癥治療
口服氯化胍能促使神經末梢釋放乙酰膽堿，能使2/3的患者癥狀改善，但對呼吸困難無效。