神經源性排尿功能障礙的治療原則是，對神經病變能恢復者，采用針對原發病的治療；對神經病變不能或不能完全恢復者，則針對改善排尿狀況及保護腎功能進行治療。
近年來，對神經源性排尿功能障礙的治療方法有了很大的進展，使得開放性手術治療的病例逐年減少。改善排尿狀況的藥物不斷出現，如M受體拮抗劑、α-受體拮抗劑、平滑肌或骨骼肌松弛劑等不斷應用于臨床并取得良好效果。特別是電刺激療法，無論基理研究及臨床應用都有了突破性進展，在儲尿及排尿反射通路的各個反射弧部位均有研究，應用較成熟的主要有逼尿肌電刺激、盆底肌電刺激和骶神經根埋植式電刺激（interstim）等，使針對神經反射的手術治療進一步減少。但外科手術治療并未被上述治療所完全替代，針對不同病例，可選用膀胱頸切開術、尿道外括約肌切開術、陰部神經切斷術、人工尿道括約肌等。對病變嚴重、排尿功能已無恢復希望、已有或存在潛在的上尿路損害等，還不得不采用尿流改道手術，甚至行永久性膀胱造口術。