在化膿性腦膜腦炎時選用有效的抗生素和脫水劑治療，常可避免膿腫形成。膿腫形成后，抗生素仍是重要的治療措施。由于血腦屏障存在，抗生素在腦組織和腦脊液中的濃度比血中要低。因此應用抗生素要注意：
①用藥要及時，劑量要足。一旦診斷為化膿性腦膜腦炎或腦膿腫，即應全身給藥。為提高抗生素有效濃度，必要時可鞘內或腦室內給藥。
②開始用藥時要考慮到混合性細菌感染可能，選用抗菌譜廣的藥，通常用青霉素和氯霉素，以后根據細菌培養和藥敏結果，改用敏感的抗生素。
③持續用藥時間要夠長，必須體溫正常，腦脊液和血常規正常后方可停藥。在腦膿腫手術后應用抗生素，不應少于2周。一般抗生素用法見表55-1，552。青霉素鈉鹽或鉀鹽1000～2000萬U/d，分2～4次靜脈點滴；增效磺胺甲基異噁唑4支（相當SMZ1600mg，TMP320mg），分2次靜脈點滴；氯霉素每天50mg/kg，分2～3次靜脈給藥；苯甲異惡唑青霉素12～18g/d，分2次靜脈給藥；氨芐青霉素每天150～200mg/kg，分2～4次靜脈點滴；丁胺卡那霉素每天200～400mg，分2次肌肉或靜脈給藥；慶大霉素每天3mg/kg，分2～3次靜脈點滴；妥布霉素每天5～7mg/kg，分2～3次給藥；第三代頭孢菌素，如菌必治每天1～2g，分1～2次靜脈點滴；羧芐青霉素每天300～500mg/kg，分2～4次靜脈給藥；萬古霉素每天1～2g，分2次靜脈點滴；利福平每天1200mg，分2次口服；滅滴靈每天15～20mg/kg，分2～4次靜脈給藥。鞘內注射抗生素：慶大霉素10，000～20，000U/次，每天1～2次；丁胺卡那霉素5～10mg/次（最大劑量40mg/次），每天1次；先鋒I號15～100mg/次，每天1次；頭孢噻啶12．5～50mg/次，每天1次；多粘菌素10，000～50，000U/次，每日1次；萬古霉素20mg/次，每天1次；兩性霉素B首劑0.05mg，以后逐漸增至<1mg；咪康唑10～20mg/次。可選用1～2種抗生素作鞘內注射，用生理鹽水把藥稀釋，注射時要緩慢，使藥液逐漸在腦脊液中彌散，并根據病人反應調整針尖位置和注射速度，以減少藥液對神經組織的毒性反應。當伴有腦室炎時，鞘內給藥腦室內藥濃度很低，僅為椎管內濃度的1/40～1/10，因此應裝置頭皮下貯液囊，作腦室內給藥。腦室內給藥同鞘內，但藥劑量減半。當急性化膿性腦炎發展迅速，出現高顱壓，危及病人生命，經脫水劑治療無效時，可開顱切除炎性壞死腦組織，并在殘腔內放置導管，以便術后作引流和注入抗生素。
一旦腦膿腫形成，就不能單獨用藥治療，還必須采用手術。對包膜尚未完善形成的早期膿腫、多發性小膿腫、基底節等深部膿腫，或病人年老體弱不能耐受手術，可先采用內科治療，但必須密切隨訪，定期作神經系統檢查和腦CT復查。抗生素應用時間，根據病人臨床狀況和CT表現而定。當膿腫體積顯著縮小，抗生素靜脈給藥至少3周，以后改口服，直到CT證實膿腫完全消失為止。對結核性、真菌或阿米巴原蟲性腦膿腫，應給予相應的藥物治療。
關于手術時機，有兩種意見，一種主張一旦確診為腦膿腫即應手術，另一種主張用抗生素治療1～2周，待包膜形成完善手術。多數人偏向后一種意見，但當病情惡化時，應立即手術。