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  • 發布時間:2021-03-01 12:22 原文鏈接: 液體處理專家如何自動化、標準化捕獲測序文庫制備

    目標區域捕獲測序技術,是根據已知特定基因組區域序列設計寡核苷酸探針,通過雜交將目標區域捕獲富集進行二代測序。其針對目標區域深度測序,增加了檢查靈敏度和準確性。既滿足研究需求,又降低測序成本,在科研、臨床中均備受關注。

    液體處理專家貝克曼庫爾特推出Biomek 自動化捕獲測序方案,幫助您實現自動化、標準化的捕獲測序。 由自動化工作站進行基因捕獲,可以減少手工操作時間,提高工作效率,增加結果的重復性和均一性。 Biomek工作站可實現從核酸提取,文庫構建,定量混樣到捕獲的整體實驗流程。
     

    Figure 1. 捕獲測序文庫構建自動化流程


    由Biomek成功自動化的雜交捕獲試劑盒:

       Agilent HaloPlex? Target Enrichment - Ion Torrent
       Agilent SureSelect XT?
       Epicentre ScriptSeq? Complete Gold Low Input
       Illumina Nextera? Rapid Capture
       Illumina TruSeq? Exome
       Illumina TruSeq? Rapid Exome
       Illumina TruSight? Cancer
       Illumina TruSight? Tumor 15
       Illumina TruSight? Tumor 170
       IDT xGen? Exome Research Panel
       NEB NEBNext Direct? Cancer HotSpot Panel
       Roche Nimblegen SeqCap EZ? for Illumina NGS

    Biomek自動化捕獲測序數據展示
     

    Figure 2. IDT xGen? Exome Research Panel試劑盒捕獲測序文庫制備。
    上圖: 片段分析,其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標片段峰;
    下圖:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結果。

    Figure 3. IDT xGen?雜交捕獲試劑盒歷史手工數據vs. 
    Biomek i7自動化工作站完成數據。A. 平均中靶率,B. 重復率,C. 覆蓋度,D. GC偏移。


    Biomek向導式軟件操作界面

    在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數量,是否使用臺面整合的PCR儀,以及運行工作流程的哪個部分。此外,具備臺面自動校對功能,當操作人員完成耗材擺放后,工作站可根據攝像頭拍攝,自動判定耗材擺放是否正確,對錯誤擺放位置進行提示。避免由于人為擺放耗材錯誤,導致設備碰撞或試劑、時間損失。
     

    Figure 4. 向導式軟件操作,IDT xGen? 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。


    Biomek自動化捕獲測序——實踐速度與通量的飛躍
     

    Figure 5. 完成 24/48/96個樣本的自動化IDT xGen?雜交捕獲測序文庫制備預估耗時。


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