如果輸液泵產生故障，須查明原因，采取相應措施排除故障。
①沒有流動相流出，又無壓力指示。原因可能是泵內有大量氣體，這時可打開泄壓閥，使泵在較大流量（如5mL/min）下運轉，將氣泡排盡，也可用一個 50mL 針筒在泵出口處幫助抽出氣體。另一個可能原因是密封環磨損，需更換。
②壓力和流量不穩。原因可能是存在氣泡，需要排除；或者是單向閥內有異物，可卸下單向閥，浸入丙酮內超聲清洗。有時可能是砂濾棒內有氣泡，或被鹽的微細晶粒或滋生的微生物部分堵塞，這時，可卸下砂濾棒浸入流動相內超聲除氣泡，或將砂濾棒浸入稀酸（如 4mol/L 硝酸）內迅速除去微生物，或將鹽溶解，再立即清洗。
③壓力過高的原因是管路被堵塞，需要清除和清洗；壓力降低的原因則可能是管路有泄漏。檢查堵塞或泄漏時應逐段進行。