1、中毒性結腸擴張
在急性活動期發生，發生率約2%。是由于炎癥波及結腸肌層及肌間神經叢，以至腸壁張力低下，呈階段性麻痹，腸內容物和氣體大量積聚，從而引起急性結腸擴張，腸壁變薄，病變多見于乙狀結腸或橫結腸。誘因有低血鉀、鋇劑灌腸，使用抗膽堿能藥物或阿片類藥物等。臨床表現為病情迅速惡化，中毒癥狀明顯，伴腹脹、壓痛、反跳痛，腸鳴音減弱或消失，白細胞計數增多。X線腹平片可見腸腔加寬、結腸袋消失等。易并發腸穿孔。病死率高。
2、腸穿孔
發生率為1.8%左右。多在中毒性結腸擴張基礎上發生，引起彌漫性腹膜炎，出現膈下游離氣體。
3、大出血
是指出血量大而要輸血治療者，其發生率為1.1%～4.0%。除因潰瘍累及血管發生出血外，低凝血酶原血癥亦是重要原因。
4、息肉
本病的息肉并發率為9.7%～39%，常稱這種息肉為假性息肉。可分為黏膜下垂型、炎型息肉型、腺瘤樣息肉型。息肉好發部位在直腸，也有人認為降結腸及乙狀結腸最多，向上依次減少。其結局可隨炎癥的痊愈而消失，隨潰瘍的形成而破壞，長期存留或癌變。癌變主要是來自腺瘤樣息肉型。
5、癌變
發生率報道不一，有研究認為比無結腸炎者高多倍。多見于結腸炎病變累及全結腸、幼年起病和病史超過10年者。
6、小腸炎
并發小腸炎的病變主要在回腸遠端，表現為臍周或右下腹痛，水樣便及脂肪便，使患者全身衰竭進度加速。
7、與自身免疫反應有關的并發癥
常見者有：①關節炎 潰瘍性結腸炎關節炎并發率為11.5%左右，其特點是多在腸炎病變嚴重階段并發。以大關節受累較多見，且常為單個關節病變。關節腫脹、滑膜積液，而骨關節無損害。無風濕病血清學方面的改變。且常與眼部及皮膚特異性并發癥同時存在。②皮膚黏膜病變 結節性紅斑多見，發生率為4.7%～6.2%。其他如多發性膿腫、局限性膿腫、膿皰性壞疽、多形紅斑等。口腔黏膜頑固性潰瘍亦不少見，有時為鵝口瘡，治療效果不佳。③眼部病變 有虹膜炎、虹膜睫狀體炎、葡萄膜炎、角膜潰瘍等。以前者最多見，發病率5%～10%。