青霉素問世后抗生素成了人類戰勝病菌的神奇武器。然而，人們很快發現雖然新的抗生素層出不窮，但是，抗生素奈何不了的耐藥菌也越來越多，耐藥菌的傳播令人擔憂。2003年的一項關于幼兒園兒童口腔衛生情況的研究發現，兒童口腔細菌中約有15%是耐藥菌，97%的兒童口腔中藏有耐4—6種抗生素的細菌，雖然這些兒童在此前3個月中都沒有使用過抗生素。
從某種意義上說，現代醫學正在為它的成功付出代價。抗生素的普遍使用有力的抑制了普通細菌，客觀上減少了微生物世界的競爭，因而促進了耐藥性細菌的增長。
細菌耐藥基因的種類和數量增長速度之快，是無法用生物的隨機突變來解釋的。細菌不僅在同種內，而且在不同的物種之間交換基因，甚至能夠從已經死亡的同類散落的DNA中獲得基因。事實上，這些年來，每一種已知的致病菌都已或多或少的獲得了耐藥基因。研究人員對一株耐萬古霉素腸球菌的分析表明，它的基因組中，超過四分之一的基因，包括所有耐抗生素基因，都是外來的。耐多種抗生素的鮑氏不動桿菌也是在與其他菌種交換基因中獲得了大部分耐藥基因。
研究人員正在梳理鏈霉菌之類土壤微生物的DNA，他們對近500個鏈霉菌品系的每一個菌種都檢測了對多種抗生素的耐藥性。結果，平均每種鏈霉菌能夠耐受七八種抗生素，有許多能夠耐受十四五種。對于試驗中用到的21種抗生素，包括泰利霉素和利奈唑胺這兩種全新的合成抗生素，研究人員在鏈霉菌中都發現了耐藥基因。研究發現，這些耐藥基因與致病菌中耐藥基因有著細微的差異。有證據表明，耐藥基因在從土壤到危重病人的旅途中，經過了許多次轉移。
世界衛生組織呼吁，為防止濫用抗生素而導致細菌產生抗藥性，歐盟決定從2006年1月起，全面禁止將抗生素作為生出生長促進劑。
據美國胸內科醫師學會的《Chest》雜志消息，一項由加拿大馬尼托巴大學和蒙特利爾的McGill大學共同進行的研究揭示，在一歲內的嬰兒應用抗生素可能明顯的增加其在7歲前罹患哮喘的風險。
該研究的結論是，在1歲內曾接受抗生素治療非呼吸道感染的小孩在其7歲時罹患哮喘的風險是在1歲內未曾接受過抗生素治療的小孩的2倍。接受治療的次數越多，其罹患哮喘的風險越大。