王澤峰研究員發布RNA測序重要成果

　　細胞周期的推進很大程度上依賴于周期性基因表達。王澤峰（Zefeng Wang）研究員領導北卡羅來納大學的研究團隊，繪制了細胞周期的高分辨率轉錄組圖譜，揭示了周期性基因與癌癥之間的新關聯。這項重要的研究成果于七月一日發表在Cell Research雜志上。王澤峰研究員2015年將實驗室移到中國上海，現擔任中科院上海生命科學研究院計算生物學研究所的所長。

　　研究人員在兩個連續的細胞周期中對人類細胞進行RNA測序，鑒定了一千多個周期性表達的mRNA、非編碼RNA和假基因。研究顯示，這些周期性轉錄本主要集中在與DNA代謝、有絲分裂和DNA損傷應答有關的功能上，它們的編碼基因很可能就是細胞周期的調控者。

　　研究人員基于自己選出的周期性基因建立了一套“有絲分裂特征（mitotic trait）”，以便根據樣本與細胞周期階段的轉錄組相似性對原發瘤和正常組織進行分類。他們分析了癌癥基因組圖譜TCGA和其他數據庫的四千多個腫瘤樣 本，證實“有絲分裂特征”與遺傳改變、腫瘤類型和患者生存狀況有顯著的關聯。

　　研究人員還定義了67個核心基因，這些基因在多種細胞中均有很強的周期性表達。研究表明，核心基因編碼了蛋白質互作 的主要樞紐，是細胞周期向前推進所必需的。核心基因還具有獨特的染色質特征，包括CTCF/RAD21結合和H3K36me3增多。在子宮癌和腎癌中，這 種染色質特征的缺失與核心基因表達水平改變有關。

　　前不久，Scripps研究所（TSRI）、加州大學圣地亞哥分校UCSD和Illumina公司的科學家們利用單 核RNA測序技術，首次完成了單神經元轉錄組的大規模評估。這一壯舉于六月二十四日發表在Science雜志上，為人們揭示了大腦皮層神經元的驚人多樣 性。

　　RNA測序可以檢測人類和其他生物的基因表達情況。最近這一方法在生物科學和醫學研究中非常流行，而且正在逐漸走向 臨床應用。RNA測序究竟有多可靠呢？由美國FDA牽頭的測序質量控制（SEQC）項目對RNA測序的準確性、可重現性和信息含量進行了綜合性評估。研究 人員用RNA參照樣本在全球多個實驗室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺上進行檢測，主要評估RNA測序在接頭區域和差異性表達譜中的表現，并將其與芯片和定量PCR（qPCR）進行比較。

　　RNA測序可以獲得相當驚人的數據量，這恰恰是一柄雙刃劍。豐富的數據量蘊含著大量的寶貴信息，但這樣的數據需要復 雜的生物信息學分析，才能從中提取到有意義的結果。正因如此，數據分析可以說是RNA測序的重中之重。佛羅里達大學、加州大學Irvine分校等單位的研 究人員在Genome Biology雜志上發表文章，概述了RNA-seq生物信息學分析的現行標準和現有資源，為人們提供了一份帶有注釋的RNA-seq數據分析指南。這將 成為開展RNA-seq研究的寶貴參考資料。

　　作者簡介：

　　王澤峰目前擔任中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所的研究員、所長等學術和行政職務。他于1994年在北京清 華大學獲得生物學和計算機科學本科雙學位。1997年，在北京中科院生物物理所獲得碩士學位。2002年，在美國約翰霍普金斯大學醫學院獲得博士學位，之 后在麻省理工學院（MIT）進行科學研究（Damon Runyon fellow）。自2007年起，在北卡大學（教堂山分校）擔任助理教授，并于2013年升為副教授（終身教職）。2015年，他將實驗室移到中國上海， 并擔任計算生物學研究所的所長。