細胞鑒別試驗的方法有多種,根據檢測目標分類包括細胞水平（形態、分類特征）、染色體水平、分子水平（生化、酶學、分子生物學特征）；根據方法學分類,包括細胞遺傳學檢測,免疫學檢測,生物化學檢測和分子生物學檢測等.目前,常用的細胞鑒別試驗方法包括細胞形態學檢查、種屬特異性抗原的檢測、染色體核型分析、同功酶分析、限制性內切酶分析等等.
細胞形態學檢查：通常在細胞接種24小時和48小時后,用100倍顯微鏡檢查,觀察細胞在低密度和高密度生長時的形態.這種方法比較直觀,但只是一個比較粗略的鑒別方法,并且與檢測人員的經驗密切相關.
種屬特異性抗原檢測：也就是用種屬特異性抗血清來檢測種屬特異性抗原,比如間接免疫熒光抗體染色.這種方法操作起來比較簡單,但是試驗敏感性較差,也就是如果存在少量的細胞污染不能分辨出來.