甲醛分子中只有一個碳原子，含有一個醛基，分子式為$CH_2O$，分子量為30。市面上雖然有多種形式的甲醛溶液出售，但它們含有少量的甲酸和甲醇，對被固定的樣品產生不良影響，適合電鏡固定使用的只有通過由多聚甲醛(paraformaldehyde)新鮮制備的甲醛溶液。甲醛溶液的毒性很大，即使是稀釋液也要格外小心操作。甲醛溶液對皮膚有硬化作用，長時間接觸可能導致皮膚破裂、皮炎或是過敏癥狀；甲醛極易揮發，它對呼吸道也有影響，長時間暴露在甲醛氣體中會使嗅覺敏感度降低；此外甲醛對眼睛也有影響，而且還被認為是致癌物質。因此在操作甲醛粉末或溶液時都必須很小心，帶上手套并在通風櫥中進行。少量廢棄的醛類試劑（甲醛、戊二醛和丙烯醛等）可以直接在大量流水沖稀的情況下倒進水池內（但要注意有關部門的有關規定），當然少量的醛類試劑與過量的1M甘氨酸混合后，再在大量流水沖稀的情況下倒進水池，會更安全。通常100ml的甲醛(1%)需要50ml的1M甘氨酸，100ml1%戊二醛則需要35ml，而丙烯醛需要40ml。大量的醛類試劑必須集中回收處理。
甲醛作為固定劑有如下特點：
由于甲醛的分子量小，它的穿透能力比戊二醛強，反應溫和，可用于細胞組織化學研究的前固定。而且它不象戊二醛有兩個醛基，引入較少的游離醛基到組織細胞中，因而在一些細胞組織化學研究中更有利。但它的反應是部分可逆的，對細胞基質保存差，脫水后大部分基質丟失，所以不少實驗室不單獨使用甲醛來固定樣品，而將它與戊二醛配制成混合固定液使用。
甲醛對生物樣品的作用與戊二醛相似，主要引起蛋白質交聯。在水溶液中，單個的甲醛分子以HO ? CH2 ? OH的形式存在。
與戊二醛不同，甲醛既與DNA又與核蛋白反應，但這些反應都是部分可逆的。另外，甲醛固定脂類的能力不強，可以與脂類相連的蛋白質作用。