癲癇病因復雜多樣，包括遺傳因素、腦部疾病、全身或系統性疾病等。
遺傳因素
遺傳因素是導致癲癇尤其是特發性癲癇的重要原因。分子遺傳學研究發現，一部分遺傳性癲癇的分子機制為離子通道或相關分子的結構或功能改變。
腦部疾病
先天性腦發育異常：大腦灰質異位癥、腦穿通畸形、結節性硬化、腦面血管瘤病等
顱腦腫瘤：原發性或轉移性腫瘤
顱內感染：各種腦炎、腦膜炎、腦膿腫、腦囊蟲病、腦弓形蟲病等
顱腦外傷：產傷、顱內血腫、腦挫裂傷及各種顱腦復合傷等
腦血管病：腦出血、蛛網膜下腔出血、腦梗死和腦動脈瘤、腦動靜脈畸形等
變性疾病：阿爾茨海默病、多發性硬化、皮克病等
全身或系統性疾病
缺氧：窒息、一氧化碳中毒、心肺復蘇后等；
代謝性疾病：低血糖、低血鈣、苯丙酮尿癥、尿毒癥等；
內分泌疾病：甲狀旁腺功能減退、胰島素瘤等；
心血管疾病：阿-斯綜合征、高血壓腦病等；
中毒性疾病：有機磷中毒、某些重金屬中毒等；
其他：如血液系統疾病、風濕性疾病、子癇等。