1.念珠菌腸炎最常見，好發于兒童，尤其是營養不良或嚴重衰竭的嬰兒。主要表現為腹瀉，大便每天10～20次，呈水樣或豆腐渣樣，泡沫比較多且呈黃綠色，可伴有腹脹、低熱，甚至嘔吐，但腹痛少見。糞標本碘涂片可見大量出芽酵母和菌絲，培養多為白色念珠菌。患兒常伴有鵝口瘡。有基礎疾病的患者則往往于發病前有應用廣譜抗生素史。免疫缺陷患者易發展為播散性念珠菌病。如按一般細菌性腸炎治療，癥狀反而加劇，腹瀉呈遷延性經過，常數月不愈，且愈后易復發。
2.曲菌腸炎好發于有基礎疾病的體力勞動者，多為煙曲菌所致。由于煙曲菌并非腸道正常菌群，故感染是外源性的，往往繼發于肺曲菌病。曲菌有侵犯血管之傾向，菌絲可穿入血管壁導致血栓形成。曲菌腸炎的臨床表現以腹痛和血便為主，可引起消化道大出血，而腹瀉常不典型，也缺乏念珠菌腸炎的遷延性經過，侵犯血管后易發展為播散性曲菌病。
3.毛霉菌腸炎因攝入被真菌孢子污染的食物所致，好發于營養不良的兒童或有胃腸道慢性疾病的患者。臨床表現由于受累部位和感染程度的不同而差異較大。其特點是血管栓塞后引起黏膜潰瘍甚至穿孔的表現，多伴有胃的感染和胃潰瘍。可出現腹痛、腹瀉、嘔血和黑便，或腸穿孔導致腹膜炎，或侵入胃腸血管導致血行播散，病情發展快，病死率高。
4.組織胞漿菌腸炎具有地方流行性，多見于艾滋病患者或兒童，因吸入或攝入來自污染土壤中的孢子所致。臨床經過酷似局限性腸炎或潰瘍性結腸炎。起病緩慢，有發熱、消化不良、腹瀉、黑便、腹痛，有時嘔吐。常伴有肺部感染灶，但以腸炎為主要表現。
5.副球孢子菌腸炎繼發于肺部感染灶或經血行播散而感染。本病亦具有地方流行性。主要見于巴西中部高原，經常接觸土壤的人群較易患此病。病變多在回盲部，引起有膿腫形成的潰瘍性肉芽腫。病原菌可通過淋巴播散至局部淋巴結、肝、脾。主要癥狀是腹痛，右下腹可觸及腫塊，伴腹瀉、嘔吐，往往由于出現腹水和腹腔淋巴結腫大而易誤診為結核或腫瘤。
6.地絲菌腸炎地絲菌和念珠菌相似，是一種內源性條件致病菌。地絲菌腸炎多見于有免疫缺陷的慢性病患者和應用免疫抑制藥、抗生素或糖皮質激素者。癥狀有腹痛、腹瀉、膿血便或黏液便，與痢疾相似，但膿血便中可查到大量地絲菌和長方形關節孢子。患者多伴有口腔地絲菌病，類似鵝口瘡。