硅藻土是一種具有生物結構的巖石。主要由80~90%，有的達90%以上的硅藻殼組成。海水、湖水中的氧化硅的主要消耗者就是硅藻，構成硅藻軟泥。在成巖過程中經石化階段形成硅藻土。
硅藻殼由蛋白石組成，硅藻在生長繁衍過程中，吸取水中膠態二氧化硅，并逐步轉變為蛋白石。
硅藻土中硅藻含量越多，雜質越少，則顏色越白，質越輕。比重一般在0.4-0.9g/cm3，由于硅藻體具有眾多的殼體孔洞，使硅藻土具多孔質構造，硅藻土的孔隙度達90-92%，吸水性強烈，粘舌，由于硅藻顆粒細小，使硅藻土細膩、滑潤。硅藻土在酸中(HCl、H2SO4、HNO3)不溶解，但溶于HF和KOH。