CAⅠ、Ⅱ、Ⅱ在結構上都有一含鋅單體，但CAⅠ、Ⅱ以單體形式存在，而CAⅡ以二硫鍵相連的二聚體形式存在人類CAⅠ和CAⅡ的三維結構用x線晶體衍射圖測試幾乎相同。二者氨基酸序列約有60%同源。CAⅣ有260個氨基酸，通過磷酯酰肌醇甘油鍵錨于質膜；可抗SDS解離作用，與胞漿內CA有30～36%同源性，其結構隨不同種屬而有差異，人肺的CAⅣ(36kD)缺少N-連接的寡糖鏈，而鼠肺CAⅣ(39kD)及其它哺乳動物多數具有此鏈。CAⅥ則帶有兩條復臺存在的寡糖鏈。
