離子阱中的離子數目必須要控制，因為離子之間互相有庫侖力，會發生相互碰撞，離子越多，碰撞概率越高，這叫做空間電荷效應。
離子阱的定量問題：由于阱內離子數量要控制，所以如果樣品中雜質很多，那么被測物的離子數量就會減少，導致靈敏度降低，空間電荷效應增強，所以離子阱不適合做很臟的樣品，如果是一次又要做上百種VOC，離子的種類和數量非常多，空間電荷效應大大增強，定性定量結果都會混亂。定量的重復性（RSD）也會差很多，一般RSD比四極桿要高幾倍。
四極桿的空間電荷效應很低，所以在定性定量上沒有離子阱的問題，譜庫匹配度很高，從而成為小型質譜的主流。