在播種的季節，有時播種后的種子會出現爛種、爛芽、發芽率低等問題，不僅給農戶造成了經濟損失，還會耽誤農事。一般來說，農民在遇到這些問題時，往往會認為是自己栽培方式和氣候條件造成的，但是實際上如果種子發芽率不高的話，也是會造成這種現象的，因此在種子檢驗工作中，最重要的一項檢測就是使用種子發芽箱來測定種子的發芽率。
一般來說，只要是正常的種子，那么只要是在合適的環境條件下，就可以萌發，而不正常的種子，即使環境再適合，也不會發芽，因此通過種子發芽箱來精準控制溫度等環境條件，就可以確定哪些種子是可以正常萌發的，而哪些種子是不能萌發的，從而推算出種子的發芽率情況，這就是利用種子發芽箱來測定種子發芽率的原理。
在經過種子發芽箱催芽之后，有些種子會發芽，但是在這些發芽的種子中，并不是都歸為正常幼苗的行列，這是因為一粒種子有根有芽但不一定成苗，有苗也不一定能長成正常植株。因此在鑒定的時候，需要根據特征在仔細判斷，從而測算出該批種子的發芽率。
利用種子發芽箱開展種子發芽率測定是現代種子檢驗工作中的一項重要內容，更是確保百姓用種安全的重要措施，由于不少農民對發芽率的內涵不甚了解，因此在購買種子的時候，也很難確認自己購買的種子是不是偽劣種子，而種子發芽箱的應用，一方面可以加強種子檢測，防止偽劣種子流入市場，另外一方面種子發芽箱為種子發芽率測定提供鑒定標準，為種植戶提供了一條正確判定田間缺苗的依據，可以幫助更加合理的開展農業生產。