巴西芽生菌病病原菌經口、皮膚及黏膜損傷處侵入人體是本病的誘發因素。當身體抵抗力減弱而又有病原菌入侵時，不但局部發生病變，且可很快侵入淋巴和血液循環，引起內臟器官的病變。中年男性多見，但人與人間尚未見有直接傳染者。
皮膚粘膜損害有些區域呈肉芽腫性浸潤，有上皮樣細胞及巨細胞，伴急性炎性浸潤及膿腫形成。在巨細胞內外可見無芽、單芽甚至多芽的真菌孢子。后者的橫切面有如“駕駛盤”，直徑可達60μm，無芽或單芽孢子的直徑僅5～20μm。
原發性肺部感染多由吸入孢子引起。大部分患者無癥狀或亞臨床癥狀，可自愈。少部分出現乏力、發熱、咳嗽、痰中帶血絲、胸痛和呼吸困難。病原菌直接感染或經淋巴、血行播散。皮損為小肉芽腫或潰瘍，愈后遺留瘢痕，造成畸形。原發感染經血行播散至肝、脾、小腸以及泌尿生殖系統、中樞神經系統和肌肉、骨骼、臟器，引起肉芽腫和化膿性結節，全身淋巴結亦可受累腫大。以化膿性肉芽腫為主，有中性粒細胞浸潤，在膿液的巨細胞中有菌體孢子，多呈單芽性芽生孢子。