NSAIDs 與米索前列醇同時使用導致轉氨酶水平升高和外周水腫的病例罕見。
本品主要經脂肪酸氧化系統代謝，對肝臟P450 酶系統無不良影響。與安替比林或地西泮聯合應用時，未發現具有臨床意義的藥代動力學相互作用。在多次給予米索前列醇時，觀察到普萘洛爾的濃度有一定程度的升高（AUC 平均約上升20 %，Cmax 平均約上升30 %）。大范圍的臨床研究未發現本品引起的藥物間的相互作用。米索前列醇與幾種NSAIDs 藥物相互作用的研究顯示，米索前列醇對布洛芬、雙氯芬酸、吡羅昔康、阿司匹林、萘普生或者吲哚美辛的藥代動力學無具有臨床顯著意義的影響。
在米索前列醇治療期間應避免同時使用含鎂的抗酸劑，因為這可能加重米索前列醇引起的腹瀉。