有些最危險的腦干腦炎（例如由單純性皰疹病毒所引的腦炎），現在已可用諸如阿拉伯糖腺嘌呤，或無環烏苷，或干擾素等藥物來治療。盡管這些藥物的療效仍在評估中，但是對治療危險腦干腦炎總是一個機會，否則患者一定會死亡。由于造成腦干腦炎的其他病毒，大多對抗生藥物沒有反應，因此基本的治療是采取一些措施，使癥狀緩和下來，讓身體的自然防御力量去克服感染。在大多數情況下，只要保持舒適，營養充足就行了。有時候，類固醇藥物能夠抑制發炎。如果已昏炎不醒，用鼻胃管給喂食，用呼吸機來協助呼吸。嚴重腦干腦炎可能恢復得很慢，可能需要接受特種治療、學習。諸如把話說得清楚等基本技能。