當人類被攜帶鼠疫菌的跳蚤叮咬后，通常叮咬的局部無明顯反應，鼠疫菌經皮膚進入人體后，首先沿淋巴管到達局部淋巴結，在其中繁殖，引起出血性壞死性淋巴結炎，感染的腺體極度腫脹，充血壞死，即為“腺鼠疫”，周圍組織亦水腫、出血。鼠疫菌可沖破局部的淋巴屏障，繼續沿著淋巴系統擴散，侵犯其他淋巴結。鼠疫菌及內毒素，也可經淋巴循環系統進入血循環，引起敗血癥，出現嚴重中毒癥狀，包括嚴重的皮膚黏膜出血（故鼠疫曾被稱為“黑死病”），然后侵入肺組織引起繼發性肺鼠疫。當人類吸入一定數量的鼠疫菌后，可引發原發性肺鼠疫。
