將需要萃取的植物粉碎，稱取約300—700g裝入萃取器⑹中，用CO2反復沖洗設備以排除空氣。操作時先打開閥⑿及氣瓶閥門進氣，再啟動高壓閥⑷升壓，當壓力升到預定壓力時再調節減壓閥⑼，調整好分離器⑺內的分離壓力，然后打開放空閥⑽接轉子流量計測流量通過調節各個閥門，使萃取壓力、分離壓力及萃取過程中通過CO2流量均穩定在所需操作條件，半閉閥門⑽，打開閥門⑾進行全循環流程操作，萃取過程中從放油閥⑻把萃取液提出。
總之，SFE技術基本工藝流程為：原料經除雜、粉碎或軋片等一系列預處理后裝入萃取器中。系統沖入超臨界流體并加壓。物料在SCF作用下，可溶成分進入SCF相。流出萃取器的SCF相經減壓、凋溫或吸附作用，可選擇性地從SCF相分離出萃取物的各組分，SCF再經調溫和壓縮回到萃取器循環使用。SC—CO2萃取工藝流程由萃取和分離兩大部分組成。在特定的溫度和壓力下，使原料同SC—CO2 流體充分接觸，達到平衡后，再通過溫度和壓力的變化，使萃取物同溶劑SC—CO2分離，SC-CO2循環使用。整個工藝過程可以是連續的、半連續的或間歇的。