線粒體是真核細胞的一種細胞器，有它自己的基因組，編碼細胞器的一些蛋白質。除了少數低等真核生物的線粒體基因組是線狀DNA分子外(如纖毛原生動物Tetrahymena pyniform和Paramecium aurelia以及綠藻Clam ydoomonas rein—hardtia 等)，一般都是一個環狀DNA分子。由于一個細胞里有許多個線粒體，而且一個線粒體里也有幾份基因組拷貝，所以一個細胞里也就有許多個線粒體基因組。不同物種的線粒體基因組的大小相差懸殊。
