使用重組DNA技術，一些細胞因子已被開發成蛋白質治療劑。截至2014年用作藥物的重組細胞因子包括：
骨形態發生蛋白(BMP)，用于治療骨相關疾病
促紅細胞生成素(EPO)，用于治療貧血
粒細胞集落刺激因子(G-CSF)，用于治療癌癥患者的中性粒細胞減少癥
粒細胞巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF)，用于治療癌癥患者的中性粒細胞減少癥和真菌感染
干擾素α，用于治療丙型肝炎和多發性硬化癥
干擾素β，用于治療多發性硬化癥
白細胞介素2(IL-2)，用于治療癌癥。
白細胞介素11(IL-11)，用于治療癌癥患者的血小板減少癥。
干擾素γ用于治療慢性肉芽腫病和骨硬化癥