親緣關系越近的生物，其細胞色素C越相似或相同。比如人和黑猩猩。而如果在進化史上相去甚遠，則其細胞色素C也相差越遠，比如人和酵母菌。
鑒于細胞色素C分子在呼吸電子傳遞鏈中不可或缺的地位，其分子結構是相對保守的。但隨著生物的進化，其分子組成結構也必將出現變異，只是相對于其他蛋白來說，細胞色素C分子的很多變異可能導致生物體的電子傳遞出現問題而導致死亡，因此，其分子進化要緩慢而保守。
