兩類終止子的不同點是：
不依賴ρ因子的終止子的回文序列中富含GC堿基對，在回文序列的下游方向又常有6～8個AT堿基對(在模板鏈上為A、在mRNA上為U)；
而依賴ρ因子終止子中回文序列的GC對含量較少。在回文序列下游方向的序列沒有固定特征，其AT對含量比前一種終止子低。
