1.嚴重聯合免疫缺陷病
為了防止移植物抗宿主病發生，應將擬輸的全血或血制品用射線照射，以滅活免疫活性細胞，或采用冰凍過的紅細胞。用骨髓移植進行免疫重建對治療本病有效。此外，也可移植胎肝或胎兒胸腺，但療效有限。對ADA缺乏型SCID，進行酶補充療法，輸入經照射的冰凍壓縮紅細胞，可獲改善。另外，每周肌內注射一次大劑量聚乙烯乙二醇治療ADA（PEG-ADA）也有較好的效果。其他治療為防治感染及對癥支持療法。
2.伴有血小板減少及濕疹的免疫缺陷病
配型骨髓移植效果最好，可完全糾正血小板及免疫學異常。可予輸血或輸血小板，血小板減少可行脾切除術。控制感染，對癥支持療法。
3.共濟失調毛細血管擴張癥
除抗感染和物理治療外，尚無特效療法。
4.伴免疫球蛋白合成異常的細胞免疫缺陷病
又稱Nezelof綜合征，無特殊治療，主要為防治感染和對癥處理。