肛門指檢是一種簡單易行而又重要的肛腸科檢查方法，因許多肛管直腸疾患僅憑肛門指檢即可早期發現，如80%的直腸癌可在肛門指檢時被發現。值得注意的是，直腸癌延誤診斷的病例中約85%是由于未作肛門指檢，有的甚至喪失了手術時機，這是值得醫患雙方重視和警惕的。
肛門指檢的檢查方法是：檢查者右手食指戴指套，涂潤滑劑（常用肥皂液，液體石臘或凡士林），以方便將其插入肛門內并可減輕病人不適。
先檢查肛門緣周圍皮膚，如有紅腫、壓痛、硬塊，常提示有肛周膿腫；前后正中處有觸痛，常提示可能有肛裂，可進一步扒開肛門看是否有肛管裂口；肛門緣外有潰破口并伴皮下有條索狀物通向肛內，常為肛瘺。
肛緣周圍檢查完畢后，右手食指輕輕按摩肛緣，同時囑病人作深呼吸以減輕腹壓，使括約肌松弛，然后將食指慢慢伸入直腸；若突然將手指插入肛門，括約肌會因突然受到刺激而痙攣，不僅不易插入，并將產生疼痛。
肛門指檢主要有以下幾個方面的參考價值：
1、首先要進行的是肛門括約肌和肛管直腸環的松緊度檢查，肛管直腸環是由內、外括約肌的上緣和恥骨直腸肌共同構成，圍繞肛管與直腸的交界處，內、外括約肌呈環狀，而恥骨直腸肌只在后面及兩側存在，故肛門指檢時，在肛管后方及兩側觸到，而在肛管前方不易觸到，肛門括約肌和肛管直腸環正常時食指能順利的伸入肛門內，如果食指通過困難或不能通過說明肛門有不同程度的狹窄，而如果肛門括約肌過于松弛無力，可能就會有肛門失禁了；
2、檢查肛管直腸前、后壁及其周圍有無觸痛、搏動、腫塊，并應注意腫塊的大小、硬度、活動性。對于位置較高的腫塊，可在蹲位或截石位作肛門指診，濟南肛泰肛腸醫院提醒這兩種體位可使腫瘤下移，可捫到較高部位的直腸癌。必要時可做直腸與腹部雙合診或直腸與陰道雙合診檢查，對癌腫侵犯的范圍可提供有價值的資料；
3、在直腸前壁，男性可觸到前列腺，女性可觸及子宮頸，不應誤認為是病理腫塊；
4、檢查完畢手指抽出后，要看手指套上是否染有血跡或粘液，必要時應作涂片檢查。