與大多蛋白的分離純化方法類似, rEK可通過硫酸銨沉淀、DEAE柱、凝膠層析和透析等方法得到純品, 另外, 運用組氨酸 (Histidine, His) 在蛋白末端進行標記, Nickel金屬螯合柱親和純化這種低成本高效率一步分離蛋白的方法, 也正廣泛地運用到rEK的分離純化, 其收率可達50%以上。對于His-tag的位點, Choi等研究發現rEKL的C末端進行His標記, 用Nickel金屬螯合柱親和純化后其酶活不發生改變, 而在N末端進行His標記后通過Nickel金屬螯合柱則酶活喪失。