目前,WES和NGS大panel檢測產品在TMB計算規則方面尚無定論。希望廠家在開發NGS大panel的時候考慮到TMB的計算規則是如何擬定的。
并需另外去除驅動突變。
中檢院做的NGS大panel TMB計算方法與WES的線性回歸曲線,可以發現兩者的一致性比較好。
中檢院利用TCGA數據進行的TMB數據擬合,可以發現,不同TMB計算規則,相同芯片區間,產出的TMB差異較大。
此外,中檢院使用相同的TMB計算規則,發現在相同的芯片區間,限定下癌種的回歸效果也不盡相同。
對于TMB檢測性能評價,主要考慮以下幾個方面:
1,突變位點檢測準確性評價;
2,TMB檢測一致性評價;
3,和WES一致性評價;
4,和具有臨床藥效樣本檢測一致性評價。
考慮突變頻率AF的情況,1% AF的情況下,腫瘤細胞的含量越高,TMB的準確性越高。
國家參考品的考核形式:獲取TCGA MC3數據集,計算WES TMB并去除0-TMB樣本,最后是6,701個樣本,然后模擬panel檢測結果并計算panel TMB值,相關分析包括P和S系數;然后建立回歸分析方程,再將獲取的標準品panel TMB值代入回歸方程,計算WES TMB的預測區間(90%),如果你的WES TMB值落入在預測區間中,那么你的TMB檢測是準確的。
國家參考品盤的驗證結果,對panel A(A+B),C,D的TMB計算進行了分析,分析的腫瘤細胞含量包含了1%,2%,5%和10%,發現TMB的值均落入90%的預測區間內,同時進行了ROC分析,發現準確性和特異性均較好。
國家參考品盤的驗證結果,AF為1%,2%,3%,4%和5%,腫瘤細胞含量為1%,2%,5%和10%,主要提醒大家在開發的時候需要注意自己檢測產品的AF閾值。