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  • 發布時間:2021-06-23 17:59 原文鏈接: 腫瘤NGS大panel檢測的標準化及研究進展(三)



    目前,WES和NGS大panel檢測產品在TMB計算規則方面尚無定論。希望廠家在開發NGS大panel的時候考慮到TMB的計算規則是如何擬定的。



    這是國家TMB參考品,制定的突變類型,包括a-j不同的突變類型,并規定了TMB計算需要納入的突變類型:
    WES:TMB計算納入a-f突變類型;
    FMI:TMB計算納入a-j突變類型;
    MSKCC:TMB計算納入a-i突變類型;
    以上三種,需另外去除驅動突變。
    GPv2:TMB計算納入a-j突變類型;
    GPv3:TMB計算納入a-j突變類型;

    并需另外去除驅動突變。



    中檢院做的NGS大panel TMB計算方法與WES的線性回歸曲線,可以發現兩者的一致性比較好。



    中檢院利用TCGA數據進行的TMB數據擬合,可以發現,不同TMB計算規則,相同芯片區間,產出的TMB差異較大。



    此外,中檢院使用相同的TMB計算規則,發現在相同的芯片區間,限定下癌種的回歸效果也不盡相同。



    對于TMB檢測性能評價,主要考慮以下幾個方面:

    1,突變位點檢測準確性評價

    2,TMB檢測一致性評價

    3,和WES一致性評價

    4,和具有臨床藥效樣本檢測一致性評價



    考慮突變頻率AF的情況,1% AF的情況下,腫瘤細胞的含量越高,TMB的準確性越高。



    國家TMB標準品,對WES標準TMB值計算時的AF值進行了考慮,因為每家公司的AF值是不一樣大的,有的1%,有的5%,所以每家公司可以根據自家的AF標準來選擇計算WES標準TMB值。如果是1%那么就選擇第一列的來計算;如果是5%那就選擇最后一列來計算。



    國家參考品的考核形式:獲取TCGA MC3數據集,計算WES TMB并去除0-TMB樣本,最后是6,701個樣本,然后模擬panel檢測結果并計算panel TMB值,相關分析包括P和S系數;然后建立回歸分析方程,再將獲取的標準品panel TMB值代入回歸方程,計算WES TMB的預測區間(90%),如果你的WES TMB值落入在預測區間中,那么你的TMB檢測是準確的。



    國家參考品盤的驗證結果,對panel A(A+B),C,D的TMB計算進行了分析,分析的腫瘤細胞含量包含了1%,2%,5%和10%,發現TMB的值均落入90%的預測區間內,同時進行了ROC分析,發現準確性和特異性均較好。



    國家參考品盤的驗證結果,AF為1%,2%,3%,4%和5%,腫瘤細胞含量為1%,2%,5%和10%,主要提醒大家在開發的時候需要注意自己檢測產品的AF閾值。


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