腦干腫瘤以神經膠質細胞瘤多見，其次是血管網狀細胞瘤和海綿狀血管瘤。膠質瘤中又以星形細胞瘤和多形性膠質母細胞瘤多發。神經膠質細胞瘤在腦干內多呈浸潤性生長，沿神經軸向上下兩個方向發展，通常腦橋為好發部位。星形細胞瘤多發生于青少年；室管膜瘤多見于中年人，起源于四腦室底的或頸髓中央管的室管膜。而血管網狀細胞瘤多發生于成年人，多由延髓背側長出向四腦室發展，也可完全生長在延髓內，還可發生于延頸髓結合部或頸髓背側；偶發于橋腦；其他可發生在胸髓及眼底等處。而海綿狀血管瘤常中年發病，多發于橋腦，其次為中腦、延髓。