肉眼觀察腦脊液顏色變化，分別以無色、乳白色、紅色、棕色或黑色、綠色等描述。正常腦脊液無色透明，新生兒膽紅素較多可呈黃色。
如表：腦脊液常見的顏色變化及臨床意義
顏色 | 原因 | 臨床意義 |
無色 | 正常腦脊液、病毒性腦炎、輕型結核性腦膜炎、脊髓灰質炎、神經梅毒 | |
紅色 | 出血 | 穿刺損傷出血、蛛網膜下腔或腦室出血 |
黃色 | 黃變癥 | 陳舊性出血、黃疸、淤滯和梗阻、黃色素、胡蘿卜色素、黑色素、脂色素增高 |
乳白色 | 白細胞增高 | 腦膜炎球菌、肺炎鏈球菌、溶血性鏈球菌引起的化膿性腦膜炎 |
綠色 | 膿性分泌物多 | 銅綠假單胞菌性腦膜炎、急性肺炎雙球菌性腦膜炎 |
褐色 | 色素增多 | 腦膜黑色素肉瘤，黑色素瘤 |