根據細菌來源可將腦膿腫分為五大類：
耳源性腦膿腫
耳源性腦膿腫最多見，約占腦膿腫的2/3。繼發于慢性化膿性中耳炎、乳突炎。感染系經過兩種途徑：①炎癥侵蝕鼓室蓋、鼓室壁，通過硬腦膜血管、導血管擴延至腦內，常發生在顳葉，少數發生在頂葉或枕葉；②炎癥經乳突小房頂部，巖骨后側壁，穿過硬腦膜或側竇血管侵入小腦。
鼻源性腦膿腫
鼻源性腦膿腫由鄰近副鼻竇化膿性感染侵入顱內所致。如額竇炎、篩竇炎、上頜竇炎或蝶竇炎，感染經顱底導血管蔓延顱內，膿腫多發生于額葉前部或底部。
隱源性腦膿腫
原發感染灶不明顯或隱蔽，機體抵抗力弱時，腦實質內隱伏的細菌逐漸發展為腦膿腫。隱源性腦膿腫實質上是血源性腦膿腫的隱蔽型。
損傷性腦膿腫
多繼發于開放性腦損傷，尤其戰時的腦穿透性傷或清創手術不徹底者。致病菌經創口直接侵入或異物、碎骨片進入顱內而形成腦膿腫。可傷后早期發病，也可因致病菌毒力低，傷后數月、數年才出現腦膿腫的癥狀。
血源性腦膿腫
約占腦膿腫的1/4。多由于身體其它部位感染，細菌栓子經動脈血行播散到腦內而形成腦膿腫。原發感染灶常見于肺、胸膜、支氣管化膿性感染、先天性心臟病、細菌性心內膜炎、皮膚癤癰、骨髓炎、腹腔及盆腔臟器感染等。腦膿腫多分布于大腦中動脈供應區、額葉、頂葉，有的為多發性小膿腫。