耐藥測定方法有基因型和表型，目前國內外多采用基因型檢測。推薦在以下情況進行HIV基因型耐藥檢測：抗病毒治療病毒載量下降不理想或抗病毒治療失敗需要改變治療方案時；如條件允許，在抗病毒治療前，最好進行耐藥性檢測，以選擇合適的抗病毒藥物，取得最佳抗病毒效果。對于抗病毒治療失敗者，耐藥檢測須在病毒載量>1000拷貝/ML且未停用抗病毒藥物時進行，如已停藥須在停藥4周內進行基因型耐藥檢測。HIV基因型檢測出現HIV耐藥，表示該感染者體內病毒可能耐藥，同時需要密切結合臨床，充分考慮HIV感染者的依從性、對藥物的耐受性及藥物的代謝吸收等因素進行綜合評判。改變抗病毒治療方案需要在有經驗的醫師指導下進行。HIV耐藥結果陰性，表示該份樣品通過基因型耐藥檢測未檢出耐藥性，但不能確定該感染者不存在耐藥情況。