3 應用
由于FQ-PCR具有高靈敏性，高特異性和高精確性的特點，目前，該項技術已被應用于病原體測定、腫瘤基因檢測、免疫分析、基因表達、突變及其多態性的研究等多個領域。
3.1 病原體測定
由于PCR技術的問世，使得病原體檢測能夠快速而方便的進行。但由于其高靈敏性，實驗操作很容易受到污染而出現假陽性。只要有微量病原體存在，PCR擴增即可為陽性結果，但并不能作為診斷依據，只有當一定數量的病原體存在時才有臨床意義，因此結模板定量顯得特別重要。常規PCR由于不能定量而限制了其應用，然而，PE公司研制的FQ-PCR技術給解決這一問題提供了可能。目前該技術已經應用于丙肝病毒、人類乳頭瘤病毒、結核桿菌和食品中大腸桿菌等許多病原體的檢測研究。
Morris等[3]用FQ-PCR對黑猩猩丙型肝炎動物模型和臨床丙型肝炎患者血清中丙肝病毒（HCV）進行了研究。測定顯示，可測得的樣品濃度相當于每毫升13個基因組。與巢式PCR比較顯示，FQ-PCR有著與巢式PCR相同的敏感性。另外，還對48例臨床丙型肝炎病人血清樣品進行了測試，32例樣品兩種檢測方法均為陽性，10例均為陰性；另有6例用兩種方法測定的結果不一致。該6例樣品又讓第三個實驗室用巢式PCR方法重新測定，其結果與FQ-PCR測定的結果一致率為100%。FQ-PCR技術在保持巢式PCR高度敏感性的同時又能提高效率，因此可作為一種檢測HCV的有效方法。同時，由于FQ-
PCR可以測出血清中病原體濃度，故可給藥物治療及療效觀察提供參考依據。
與宮頸癌及其癌前病變有關的人類乳頭瘤病毒（HPV）有多種類型，以 HPV-16、18、31、33、35等類型危險性最高。Swan等[4]1997年用FQ-PCR技術對子宮陰道灌洗標本進行了研究。
他們發現，由于熒光探針的應用，對各型HPV的檢測變得十分方便和準確。由于HPV-16的特異引物可以和HPV-66的模板DNA發生錯配，用一般PCR方法擴增時，如有HPV-66存在，即可擴增出HPV-66片段而發生誤診，但是HPV-16特異探針的應用使HPV-66在TaqMan系統中不能擴增。因此，FQ-PCR對不同亞型的病毒檢測具有高度特異性。同時也發現FQ-PCR具有高度敏感性，用一般PCR方法檢測不到的HPV模板濃度在TaqMan
系統中卻可檢測到。對于HPV-16、18、31、33、35類型敏感高達到每100～1000個細胞中含有一個拷貝的HPV基因組，平均每300個細胞中含有一個拷貝的HPV基因組。
以前常規檢測大腸桿菌的方法，都是采用多種選擇性培養基培養分離法，對產志賀氏毒素的大腸桿菌（SLTEC）缺乏特異性，因此這種菌株的檢測又費時又困難。后來又有應用抗體的免疫學方法和核酸序列測定的生化方法及以DNA擴增為基礎的PCR方法等，都因為繁瑣，需要大量的PCR后處理過程及不能對標本定量而受到限制。美國Witham等[5]1996年將FQ-PCR技術應用于牛肉中大腸桿菌志賀氏毒素基因的檢測研究。針對不同血清變異型的大腸桿菌，他們設計應用不同的探針，從而提高了實驗特異性。他們同時還對探針相對于引物的位置、反應液中探針濃度、鎂離子濃度等影響實驗的因素進行了優化實驗，以提高實驗的準確性和精確性。由于TaqMan系統可以一次測量96管樣品，還可對模板進行準確定量，又不需要進行電滬及EB染色后處理過程，實際應用方便，從而提高了實驗的參考價值和應用價值。因此該實驗方法是食品檢測方面的一個突破。此外，加拿大Chen等[6]1997年也把FQ-
PCR技術用于食品中沙門氏桿菌的檢測研究。
在抗癆治療開始后，結核病人痰中可持續存在有結核桿菌，為了研究結核病人痰標本DNA定量結果是否與有活力的結核桿菌數量相符合并監測治療反應，1998年美國Desardin等[7]用FQ-PCR和競爭性PCR兩種方法定量檢測治療期間連續收集的結核病人痰標本，結果顯示兩種方法有較好的重復性和準確性。痰中結核桿菌DNA定量結果與抗酸染色顯微鏡下計數的結果一致。