1、從基因文庫中獲取目的基因：將含有某種生物的許多基因片段，導入受體菌的群體中儲存，各個受體菌分別含有這種生物不同的基因，稱為基因文庫。 當需要某一片段時，根據目的基因的有關信息，如根據基因的核苷酸序列、基因的功能、基因在染色體上的位置、基因的轉錄產物，以及基因的表達產物蛋白質等特性來獲取目的基因；
2、化學合成法：已知目的基因的核苷酸序列，可用合成儀直接合成；
3、聚酶鏈式反應：已知目的基因引物的序列，將整個基因放入合成儀，因為只有當引物與模板結合后基因熱聚合酶才能行使聚合功能，所以只有引物中間的目的基因被大量擴增，即被提取出來。