取新鮮干凈的菠蘿皮、刺、芯等出汁率達45%以上的下腳料，壓榨，取汁濾除果屑。濾液添加0.025-0.05%的苯甲酸，加5%高嶺土進行吸附。將高嶺土吸附物用飽和碳酸鈉溶液調pH6.7-7.0后，加5%氯化鈉，攪拌后壓濾。取濾液用鹽酸調pH4.8-5.1，加硫酸銨，靜置沉淀，取沉淀減壓干燥，即為菠蘿蛋白酶。對菠蘿下腳料計，收率0.054-0.103%。
生產方法由菠蘿（Ananas comoslgs和A.bracteatus）果實及莖（主要利用其外皮）經壓榨提取、鹽析（或丙酮、乙醇沉淀）再分離、干燥而得。