GK晶體分為大區域和小區域， 大小區域之間通過連接區域連接，兩區域間存在一個能與底物結合的可變角。在人體內GK存在三種構象，當葡萄糖濃度較低時，GK處于非活性超開放構象；當體內葡萄糖濃度升高時，GK與葡萄糖結合，處于活性開放/閉合構象。
作為單體變構酶，葡萄糖激酶GK在糖代謝中存在三種構象和兩種催化循環。當葡萄糖濃度較低時，GK處于非活性超開放構象（可變角為100°），糖代謝進入“慢循環”；當體內葡萄糖濃度升高時，GK與葡萄糖結合，處于活性開放/活性閉合構象（可變角分別為65°和40°），糖代謝進入“快循環”。