藍細菌廣泛分布于自然界，包括各種水體、土壤中和部分生物體內外，甚至在巖石表面和其他惡劣環境(高溫、低溫、鹽湖、荒漠和冰原等)中都可找到它們的蹤跡，有“先鋒生物”之美稱。它們在巖石風化、土壤形成以及水體生態平衡中起著重要的作用。另外，藍細菌具有經一定經濟價值，包括許多食用種類，如普通木耳念珠藍細菌(即葛仙米，俗稱地耳，N．commun)、盤狀螺旋藍細菌(Spirulina platensis)、最大螺旋藍細菌(Smaxima)等，后兩種已開發成有一定經濟價值的“螺旋藻”產品。
