快速蛋白液相色譜(FPLC)、中壓液相色譜(MPLC)、低壓液相色譜(LPLC)是近年來從HPLC基礎上發展的新型色譜技術，其中FPLC能以極快的速度把復雜混合物分離，可在短時間內大量純化樣品，具有柱容量大、回收效率高及生物大分子不易失活等特性，在生命科學研究及藥物生產上使用越來越廣泛。
(1)FPLC與HPLC相同的是：都采用輸液泵、高靈敏檢測器、梯度洗脫裝置、自動收集裝置和計算機控制等設備，均具有快速、分辨率高、分離效能高等特點。
(2)FPLC與HPLC不同的是：HPLC的管道系統多采用金屬材料，流動相由往復泵或隔膜泵驅動，使用高壓，色譜柱內徑小，分析精度高，最大流速通常不超過20 mL/min(有些制備級HPLC可達300 mL/min)，有時需使用一定濃度的有機溶劑，適用于微量樣本檢測或少量純化制備；FPLC的管道系統是由耐高壓的塑料管組成，流動相多由柱塞式泵驅動，中低壓，所用色譜柱內徑大，流速范圍0～100 mL/min(最大流速可達1 000 mL/min)，分析精度沒有HPLC高，只使用常規無機鹽溶液，適于大規模純化樣品。
(3)應用范圍：HPLC可分析低沸點低相對分子質量分子、高沸點中分子、高分子有機化合物(包括極性、非極性)、離子型無機化合物、熱不穩定生物分子；FPLC專門用于蛋白質、多肽及多核苷酸的分離純化。
高壓制備系統（HPLC）可以涵蓋FPLC的功能，但是在高鹽的實驗環境下，泵的選擇就需要非常謹慎，隔膜泵會是一個不錯的選擇。常規來說流速超過3升以上的部分，PTFE、PFA、玻璃等材質就不適合了，還是會需要選擇不銹鋼等材質。對于FPLC在系統配置上的選型和生物液相又有所區別，很多PH、電導等檢測器就無需再配置，而且FPLC所涉及的填料內徑較大，柱管的大小選擇，流動相的流速選擇對于整體方案的影響也會比較大。