胃蛋白酶，除存在于高等動物的胃液中外，在無脊椎動物中也具有同樣性質的蛋白酶。但其性狀許多還不明了。胰蛋白酶，存在于高等動物的胰液中。在低等動物（甲殼類、復足類等）的胃液中，也以活性狀態存在。但是否與高等動物的相同還不清楚。糜蛋白酶，含于高等動物的胰液中，氨肽酶存在于高等動物的腸液中，除作用于蛋白質的中間分解產物以外，在低等動物的蝸牛和骨螺的中腸腺中作為胃液而分泌，另外也作為中腸腺細胞內的消化酶而存在。羧肽酶除存在于高等動物的胰液外，在低等動物的中腸腺中以活化形態存在。氨酞基脯氨酸（二肽）酶、脯氨酞氨基酸（二肽酶）、二肽酶、亮氨酰肽酶存在于高等動物的腸液中。魚精蛋白酶存在于高等動物的胰液中，角蛋白酶是存在于烏賊類腸液中的特殊的消化酶。凝乳酶（rennin，粗制凝乳酶）存在于高等動物的胃液中。腸激酶，是由高等動物的十二指腸上皮分泌的。組織蛋白酶通常認為存在于高等動物的胃液中，也存在于低等動物的中腸睬等中，原來由于是細胞組織內的蛋白質分解酶，所以不直接參與消化作用。